你指的同济大学有二个医学院

1、华中科技大学同济医学院在武汉

2、同济大学医学院在上海

华中科技大学同济医学院原来是武汉大学医学院，1950年由上海搬迁至武汉。目前是国内著名医科大学，著名普外专家裘法祖曾一直在该院任教和担任临床工作，带教出一大批优秀医学人才。

同济大学医学院原来是上海铁道医学院并入的，水平一般般。

南方医科大学是原第一军医大学转制而来，在广州，教学科研力量都不错。

华中科技大学同济医学院（附属医院同济医院、武汉协和医院、梨园医院）2013年全国医科大学实力排名第五。

南方医科大学（附属医院南方医院、珠江医院）2013年全国医科大学实力排名第十五。

客观的说华中科技大学同济医学院综合实力比南方医科大学好。