上海自考主考高校组织高等教育自学考试，可以收取报考费，收费标准为每人每科45元，中英合作商务管理和金融管理专业收费标准为每人每科120元（其中上缴教育部考试中心为每人每科60元）。

上海自考主考高校组织高等教育自学考试实践性环节考核，可以收取实践性环节考试费和毕业论文指导费（含答辩）。实践性环节考试费收费标准为每人每科100元；毕业论文指导费（含答辩）实行分类收费，一类专业每人400元，二类专业每人600元，三类专业每人800元。此外，市教育考试院按规定进行高等教育自学考试毕业生审定，可以收取毕业生审定费，每人每次50元。